นอกจากการพัฒนาและลงพื้นที่ปฏิบัติงานแล้ว บทบาทอีกด้านของมูลนิธิแม่ฟ้าหลวงฯ ที่สำคัญไม่แพ้กัน คือ การเป็นผู้ขับเคลื่อนนโยบายด้านการพัฒนาเพื่อสืบสานพระราชปณิธาน โดยนำศาสตร์พระราชาและตำราแม่ฟ้าหลวงไปปรับใช้ให้เกิดประโยชน์สูงสุดในวงกว้าง ในประเทศไทย มูลนิธิแม่ฟ้าหลวงฯ เป็นหน่วยงานหลักในการก่อตั้งสมาคมธุรกิจเพื่อสังคมแห่งประเทศไทย (SE Thailand) ที่มีจุดมุ่งหมายในการส่งเสริมธุรกิจเพื่อสังคมให้ประสบความสำเร็จ ควบคู่ไปกับการพัฒนาสังคมและสิ่งแวดล้อม
ส่วนในเวทีระดับสากล มูลนิธิแม่ฟ้าหลวงฯ ก็มีบทบาทหลักร่วมกับรัฐบาลไทยและประเทศพันธมิตรในการเป็นผู้ร่วมกำหนดนโยบายในเวทีการพูดคุยทางการเมืองระดับสูง เพื่อผลักดันให้เกิดการพัฒนาทางเลือกในการดำรงชีวิตที่ยั่งยืนระดับโลก อาทิ การประชุมคณะกรรมาธิการยาเสพติด Commission on Narcotic Drugs (CND) การประชุมคณะกรรมการเศรษฐกิจและสังคมแห่งเอเชียและแปซิฟิก ESCAP (Economic and Social Commission for Asia and the Pacific) การประชุมคณะมนตรีเศรษฐกิจและสังคมแห่งสหประชาชาติ ECOSOC (United Nations Economic and Social Council) และการประชุมสมัยพิเศษของสมัชชาสหประชาชาติ UNGASS (United Nations General Assembly Special Session) เป็นการช่วยเสริมบทบาทประเทศไทยในแง่การเผยแพร่องค์ความรู้เพื่อนำไปสู่การปฏิบัติจริงในนานาประเทศ
